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第 1 集 夜袭第 2 集 异生兽第 3 集 巨人第 4 集 亚空间第 5 集 适能者第 6 集 遗迹第 7 集 魔人第 8 集 M·P第 9 集 警告第 10 集 突入第 11 集 人形第 12 集 别离第 13 集 预知者第 14 集 恶魔第 15 集 噩梦第 16 集 迷路第 17 集 暗第 18 集 启示录第 19 集 要击战第 20 集 追击第 21 集 受难第 22 集 安息第 23 集 宿命第 24 集 英雄第 25 集 预兆第 26 集 怜第 27 集 祈祷第 28 集 再会第 29 集 幽声第 30 集 监视者第 31 集 鸟第 32 集 影第 33 集 忘却第 34 集 封锁第 35 集 反叛第 36 集 决战第 37 集 纽带第 38 集
故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。
然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。