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第 1 集 战士的觉醒第 2 集 蓝之风暴第 3 集 我的变身！第 4 集 Puzzle解读第 5 集 第3位战士第 6 集 哀伤的妖拳第 7 集 记忆的片段第 8 集 赤红炎之剑第 9 集 第2个G3第 10 集 银之点与线第 11 集 相连的过去第 12 集 湖中激斗！第 13 集 父亲的线索第 14 集 最强Kick第 15 集 陷阱的开始第 16 集 奇怪的女人第 17 集 捕获作战！第 18 集 新的Boss第 19 集 解散决定？第 20 集 某一日觉醒第 21 集 暴走的力量第 22 集 命运的对决第 23 集 拥有资格之人第 24 集 完美Machine第 25 集 激斗再起！第 26 集 苏醒的记忆第 27 集 凉，死去…第 28 集 那个夏日第 29 集 数字之谜！？第 30 集 隐藏的力量第 31 集 人的居住处第 32 集 Gills复活第 33 集 出现的敌人第 34 集 互相呼唤的灵魂第 35 集 谜之救世主第 36 集 第4位男人第 37 集 黑暗的战士第 38 集 其真面目…第 39 集 Gills咆哮第 40 集 共同战线！第 41 集 光与暗第 42 集 天亮号第 43 集 行动的黑暗第 44 集 与父与姐…第 45 集 被夺走的力量第 46 集 战士的羁绊第 47 集 天空之怪第 48 集 星之支配者第 49 集 绝灭的足音第 50 集 如今，战斗之时第 51 集 AgitΩ
在未确认生命体4号（假面骑士空我）消灭未确认生命体（古朗基）两年后，虽然未确认生命体的威胁已经消失，和平的日子却无法长久地维持下去。
世界各地，再度出现人类离奇死亡案件，这次残杀人们的凶手，似乎是拥有人类所无法匹敌力量的神秘种族。
警方称之为——未知生命体（Unknown）。
与之前的未确认生命体视屠杀人类为游戏的行径不同，未知生命体都有选择地对超能力者下手，由于无法确认超能力者，一头雾水的警方完全不知道该如何应付。
津上翔一是一个失忆的开朗少年，被美杉教授带回家，与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。
但隐藏在翔一天真笑容背后的，其实是神秘的变身英雄——假面骑士AgitΩ。每当未知生命体现身残杀人类，他便会自动感应并变身成为谜之战士。
随着暗之力的复活，未知生命体杀人的频率越来越密集，AgitΩ在不停的战斗中感应到自己的一步步进化。
就像播下的种子般，总有一天会发芽。
由人类所化身成的AgitΩ们如雨后春笋般出现了。
心急于抹杀这些AgitΩ的暗之力一面为伤害自己的孩子而痛苦着，一面更积极地命令未知生命体杀害特定的人类。
不甘心生存的希望与未来就这样被剥夺的翔一变身为更强悍的形态。
但是遭到AgitΩ与人类们抵抗的黑衣青年终于被惹恼，决定消灭掉已经不再听从他的孩子——人类，要将世界重造。
要相信人类到什么程度呢？
人类，到底有多少可能性呢？