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自 20 世纪以来，地球历经数百年的自然破坏、生态系统崩塌，再加上使用核武器、生物武器的战争肆虐，大地因污染与崩毁而荒芜，绝大多数动植物惨遭灭绝。就这样，地球迎来了地质史上第六次大规模灭绝事件 ——“大灭绝六号”（ビッグシックス）。
在这样的绝境中，人类在空中建造了城市，将濒临灭绝的动物迁移至此，试图挽救这些物种。这座高悬天际、与世隔绝的空中都市里，动物们经过漫长岁月的洗礼，逐渐完成了进化。通过人工基因杂交实现蜕变的它们，不仅掌握了语言，更以直立行走的特殊生命体之姿开启了文明的构建，最终发展成无需匮乏、幸福美满的生存状态。久而久之，再也没有人会想起下界（地面世界）的存在 ——
直到有一天，一粒植物的种子悄然混入了空中都市。捡到种子的孩子们，心中涌起了无法抑制的、想要窥探外部世界的冲动，于是下定决心，向着这片未知之地踏上冒险之旅。
他们并不知道，一旦降落到地面，就再也无法返回……