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遥远的20XX年，过度开发的科技让地球苦不堪言。长相畸形、力大无穷的怪兽们是大自然的终极反扑！恐怖怪兽的威胁让人类放下彼此恩怨，决心携手保卫家园。于是乎，帅哥遍地的地球防卫军，与美女如云的M机关便因此成立，担负起守护地球与人类文明的重责大任！
有一天，地球防卫军的大师兄尾崎真一（松冈昌宏 饰），与联合国生物学家音无美雪（菊川怜 饰）奉命前往北海道调查神秘怪物死亡之谜。
在此同时，全球各大都会如纽约、巴黎、上海、悉尼等都不知从哪儿冒出各色怪兽！怪兽发动猛烈攻击，全球因此陷入恐慌……更糟的是，身负地球人期待的联合国秘书长醍醐直太郎（宝田明 饰演）的座机也在两万英尺高空神秘消失。
地球，真的没救了吗？正当全球老百姓在怪兽肆虐下无助哭泣时，巨大的神秘飞行器突然出现，以神秘光线将怪兽一一收拾～失踪多日的醍醐秘书长也奇迹似出现，说明消灭怪兽的X星人（Xiliens）怀着善意，不远千里而来，希望与地球缔结友谊同盟条约。人类文明的新世纪仿佛将就此揭开序幕……….
但X星人行事诡密、语多反常，引起尾崎大师兄与美丽科学家的高度怀疑。他们求助于曾驾驶轰天号，悍然杀败神兽哥吉拉的粗勇舰长。在揭开X星人看似聪明的阴谋后，大伙儿竟发现，现在唯一能拯救地球，力抗X星人的，竟是被封印于南极冰山深处的神兽哥吉拉………迫于无奈的众人终于下定决心，挖出这宇宙无双的终极兵器。一场席卷全人类、横跨五大洲、牵连无数怪兽与地球命运的最后圣战，就此揭开序幕！